En la baja Edad Media, los monasterios recogieron y transmitieron conocimientos con la veneración por lo antiguo y el desinterés o alejamiento de la realidad. Sin embargo, su labor permitió la supervivencia de un cuerpo doctrinal en Occidente. La terapéutica abandonó los incipientes criterios científicos y volvió a las simplificaciones de la medicina popular y a las interpretaciones sobrenaturales. La influencia del cristianismo otorgó a la medicina un importante componente de misticismo religioso. Por otra parte, la asociación de los primeros hospitales cristianos de beneficencia y el desarrollo de las órdenes monásticas permitió que los monasterios asumieran parte de la asistencia médica de occidente. Paralelamente, la práctica de la cirugía se devaluó, siendo ejercida por profanos, iletrados y charlatanes. Así, los curanderos germánicos daban masajes, reducían luxaciones y fracturas y curaban heridas.
No fue hasta el siglo XII cuando Europa comenzó a despertar gradualmente de su edad oscura. Empezaron a fundarse universidades y hospitales, la disección humana se reanudó y los importantes textos griegos comenzaron a traducirse del árabe al latín. Sin embargo, hasta el siglo XVI, todos los avances se realizaron a la sombra de Hipócrates. Los primeros hospitales de la época medieval surgieron en Bizancio. De ellos, el más importante fue el de Constantinopla, fundado en el siglo XII, y que de un total de 50 camas dedicaba 10 a pacientes quirúrgicos.
En confluencia con el mundo árabe, se organizaron en torno al Mediterráneo algunos centros de excepción en los que el saber médico era transmitido. La Escuela de Salerno, o la de Montpellier, comenzaron el desarrollo de la enseñanza médica organizada, recibiendo influencias desde el mundo islámico.
En el siglo XI, desde la Escuela de Salerno, Constantino el Africano (1010-1087) es el principal difusor de los conocimientos islámicos, gracias a las traducciones de sus textos.
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En 1137, la Escuela de Montpellier (fundada en el siglo IX) fue denominada "Universidad de escolares y maestros", abierta también a judíos y árabes. El prestigio obtenido y la exigencia de exámenes para ejercer la medicina hizo que pronto apareciesen otras escuelas. Henry de Mondeville (1260-1320) fue profesor de anatomía en Montpellier y cirujano de Felipe el Hermoso.
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Guglielmo de Saliceto (1210-1278), perteneció también a la escuela de Bolonia donde fue profesor. Su obra principal fue "La Chirurgia", dividida en seis libros, entre los que se incluyen el dedicado a fractruras y luxaciones, el de heridas y contusiones y el texto de anatomía. Esta división de los tratados quirúrgicos fue adoptada con posterioridad por la mayoría de los autores. Además, escribió el primer tratado que se conoce de anatomía topográfica.
Lanfranco de Milán (1240-1306), discípulo del anterior, escribió en su "Gran Cirugía" dos capítulos, uno sobre el "quebrantamiento de los huesos" y otro sobre luxaciones. En el tratamiento de estas afecciones sigue a los clásicos, aunque también realiza aportaciones propias. Utiliza complicados entablillamientos de vendas y listones sobre los que aplica un emplasto consolidativo. Recomienda poner en estas inmovilizaciones marfil o hueso de elefante debido a la creencia del poder de atraer el hueso hacia la zona de fractura (¿introductor del concepto de osteoinducción?). También realiza una descripcción bastante precisa de los tipos de luxaciones de cadera y rodilla así como de su reducción. En su obra propune la unificación de la medicina y la cirugía.
A pesar de estas notables excepciones, la practica quirúrgica, y en especial en lo que se refiere a la Traumatología, distaba mucho de tener el reconocimiento de ciencia. La Universidad de París y otras universidades en Francia, Inglaterra, Países Bajos, etc., más sujetas al control de monarcas y eclesiásticos, desarrollaron Escuelas de Medicina basadas en la supremacía de la teología sobre la naturaleza. En todas ellas la práctica quirúrgica fue excluida. Los médicos, en gran porcentaje judíos, gozaban del prestigio de los monarcas y la iglesia, no siendo accesibles al pueblo.
De forma paralela aparecieron agrupaciones gremiales, como el Colegio de San Cosme y San Damián en París, en los que los cirujanos prácticos y artesanales, lejos de pretensiones académicas, ejercían la cirugía como un oficio sin ninguna base científica. De esta forma, la distribución gremial de la Edad Media favoreció la confluencia de cirujanos, barberos y otros artesanos diestros en herramientas, frente a la clase médica que junto a boticarios y artistas, impulsarían los estudios anatómicos en el humanismo renacentista.
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